BioPython安裝與入門

BioPython簡介

Biopython工程是一個使用Python來開發計算分子生物學工具的國際團體。(http://www.python.org) Python是一種面向對象的、解釋型的、靈活的語言，在計算機科學中日益流行。Python易學，語法明晰，并且能很容易的使用以C，C++或 者FORTRAN編寫的模塊實現擴展。

Biopython官網(http://www.biopython.org)為使用和研究生物信息學的開發者提供了一個在線的 資源庫，包括模塊、腳本以及一些基于Python的軟件的網站鏈接。一般來講，Biopython致力于通過創造高質量的和可重復利用的模塊及 類，從而使得Python在生物信息學中的應用變得更加容易。Biopython的特點包括解析各種生物信息學格式的文件(BLAST， Clustalw， FASTA， Genbank...)，訪問在線的服務器(NCBI，Expasy...)，常見和不那么常見程序的接口(Clustalw， DSSP，MSMS...)，標準的序列類，各 種收集的模塊，KD樹數據結構等等，還有一些文檔。

BioPython主要功能

將生物信息學文件解析為Python可用的數據結構，包含以下支持的格式：

Blast輸出結果 – standalone和在線Blast

Clustalw

FASTA

GenBank

PubMed和Medline

ExPASy文件, 如Enzyme和Prosite

SCOP, 包括‘dom’和‘lin’文件

UniGene

SwissProt

被支持格式的文件可以通過記錄來重復或者通過字典界面來索引。

處理常見的生物信息學在線數據庫的代碼：

NCBI – Blast, Entrez和PubMed服務

ExPASy – Swiss-Prot和Prosite條目, 包括Prosite搜索

常見生物信息學程序的接口，例如：

NCBI的Standalone Blast

Clustalw比對程序

EMBOSS命令行工具

一個能處理序列、ID和序列特征的標準序列類。

對序列實現常規操作的工具，如翻譯，轉錄和權重計算。

利用k最近鄰接、Bayes或SVM對數據進行分類的代碼。

處理比對的代碼，包括創建和處理替換矩陣的標準方法。

分發并行任務到不同進程的代碼。

實現序列的基本操作，翻譯以及BLAST等功能的GUI程序。

使用這些模塊的詳細文檔和幫助，包括此文件，在線的wiki文檔，網站和郵件列表。

整合BioSQL，一個也被BioPerl和BioJava支持的數據庫架構。

BioPython安裝：通過pip安裝

（安裝之前確定安裝了anaconda或者miniconda或者pip）

pip install biopython

測試安裝

import Bio

入門小實例

#!/usr/bin/env python3

from Bio.Seq import Seq

#create a sequence object

my_seq = Seq('CATGTAGACTAG')

#print out some details about it

print ('seq %s is %i bases long' % (my_seq, len(my_seq)))

print ('reverse complement is %s' % my_seq.reverse_complement())

print ('protein translation is %s' % my_seq.translate())

參考資料

https://biopython.org/

https://biopython.org/wiki/Download

https://github.com/biopython

Python

版權聲明：本文內容由網絡用戶投稿，版權歸原作者所有，本站不擁有其著作權，亦不承擔相應法律責任。如果您發現本站中有涉嫌抄襲或描述失實的內容，請聯系我們jiasou666@gmail.com 處理，核實后本網站將在24小時內刪除侵權內容。

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