基因測序：鯤鵬kc1源碼方式安裝軟件vcftools

vcftools是一種可以對VCF文件和BCF文件進行格式轉換及過濾的工具，其中很多過濾及計算功能可以自己使用perl或者python編寫腳本實現，但都不如這個工具的運算速度快。

本文檔以“vcftools-0.1.16”為例進行說明

1?????? 安裝準備

華為云購買一臺鯤鵬服務器

本文以云服務器KC1實例搭建，云服務器配置如表1-1所示。

表1-1?云服務器配置

項目

說明

規格

kc1.large.2 ? | 4vCPUs | 8GB

磁盤

系統盤：高IO（40GB）

操作系統要求如表1-2所示。

表1-2?操作系統要求

項目

說明

-

CentOS

7.6

在公共鏡像中已提供。

Kernel

4.14.0

在公共鏡像中已提供。

2?????? 配置編譯環境

yum?install?autoconf?dh-autoreconf?automake?zlib-devel

3?????? 安裝

1)???????? 獲取源碼

cd?/usr/local/src wget?https://github.com/vcftools/vcftools/archive/v0.1.16.tar.gz?-O?vcftools-0.1.16.tar.gz

2)???????? 編譯安裝

tar?-zxvf?vcftools-0.1.16.tar.gz cd?vcftools-0.1.16 ./autogen.sh ./configure?–prefix=/usr/local/vcftools make?-j4 make?install

3)???????? 配置vcftools環境

在文件/etc/profile末尾添加如下內容。

export?PATH=/usr/local/vcftools/bin:$PATH

按Esc，并且輸入wq!保存退出。

輸入如下命令，使環境變量生效。

source?/etc/profile

4?????? 運行和驗證

test目錄下有很多例子，通過輸入如下命令，進行測試。

cd?/usr/local/src/vcftools-0.1.16/examples vcftools?--vcf?shuffle-test.vcf?--missing-site?--out?ms

當系統回顯類似如下信息是，表示vcftools能夠正常使用。

VCFtools?(0.1.16) (C)?Adam?Autom?and?Anthony?Marchetta?2009 Parameters?as?interpreted: ????????--vcf?shuffle-test.vcf ????????--out?ms ????????--missing-site After?filtering,?kept?2?out?of?2?Individuals Outputting?Site?Missingness After?filtering,?kept?6?out?of?a?possible?6?Sites Run?Time?=?0.00?seconds

鯤鵬 基因測序

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