基因測序：鯤鵬kc1源碼方式安裝軟件BCFtools

BCFtools是一組實用程序，以Variant Call Format（VCF）及其二進制副本BCF處理變量調用。 所有命令都可以與未壓縮和BGZF壓縮的VCF和BCF透明地一起使用。

1?????? 安裝準備

華為云購買一臺鯤鵬服務器

本文以云服務器KC1實例搭建，云服務器配置如表1-1所示。

表1-1?云服務器配置

項目

說明

規格

kc1.large.2 ? | 4vCPUs | 8GB

磁盤

系統盤：高IO（40GB）

操作系統要求如表1-2所示。

表1-2?操作系統要求

項目

說明

-

CentOS

7.6

在公共鏡像中已提供。

Kernel

4.14.0

在公共鏡像中已提供。

2?????? 配置編譯環境

yum?install?zlib-devel?bzip2?bzip2-devel?xz-devel?-y

3?????? 安裝

1)???????? 獲取源碼

cd?/usr/local/src wget?https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.9/bcftools-1.9.tar.bz2

2)???????? 編譯安裝

tar?-jxvf?bcftools-1.9.tar.bz2 cd?bcftools-1.9 ./configure?--prefix=/usr/local/bcftools make?-j4 make?install

3)???????? 配置bcftools環境

在文件/etc/profile末尾添加如下內容。

export?PATH=/usr/local/bcftools/bin:$PATH

按Esc，并且輸入wq!保存退出。

輸入如下命令，使環境變量生效。

source?/etc/profile

4?????? 運行和驗證

測試數據。

“test”目錄下有很多例子，通過輸入如下命令，進行測試。

cd?/usr/local/src/bcftools-1.9 make?test

當系統回顯類似如下信息是，表示BCFtools測試成功。

Number?of?test: ????total???..?823 ????passed??..?823 ????failed??..?0

鯤鵬

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