鯤鵬云服務器移植subread

簡要介紹

一種通用的read對比軟件，它可以對比基因組DNA-seq和RNA-seq的reads，也可以用于發現基因組突變，包括短插入確實和結構變異。

建議的版本

建議使用版本為“subread-2.0.1”。

云服務器要求

本文以云服務器KC1實例測試，云服務器配置如表 云服務器配置所示。

項目

說明

規格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盤

系統盤：高IO（40GB）

操作系統要求

操作系統要求如表 操作系統要求所示。

項目

說明

-

CentOS

7.6

在公共鏡像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共鏡像中已提供。

安裝相關依賴。

yum install -y zlib-devel

獲取“subread-2.0.1”源碼包。

cd /usr/local/

wget https://sourceforge.net/projects/subread/files/subread-2.0.1/subread-2.0.1-source.tar.gz/download -O subread-2.0.1.tar.gz

解壓并進入源碼包。

tar -zxvf subread-2.0.1.tar.gz && cd subread-2.0.1-source

修改Makefile文件。

分別修改“src/Makefile.Linux”和“src/longread-one/Makefile”文件，將“CCFLAGS”設置的“-mtune=core2”刪除。

vim src/Makefile.Linux

vim src/longread-one/Makefile

修改前

CCFLAGS?=?-mtune=core2?${MACOS}?-O${OPT_LEVEL}?-Wall??-DMAKE_FOR_EXON??-D?MAKE_STANDALONE?-D?SUBREAD_VERSION=\"${SUBREAD_VERSION}\"??-D_FILE_OFFSET_BITS=64

修改后

CCFLAGS?=??${MACOS}?-O${OPT_LEVEL}?-Wall??-DMAKE_FOR_EXON??-D?MAKE_STANDALONE?-D?SUBREAD_VERSION=\"${SUBREAD_VERSION}\"??-D_FILE_OFFSET_BITS=64

編譯subread。

cd /usr/local/subread-2.0.1-source/src

make -j4 -f Makefile.Linux

設置環境變量。

將“export PATH=/usr/local/rsem/bin:$PATH”寫入“/etc/profile”文件最后一行。

vim /etc/profile

export?PATH=/usr/local/subread-2.0.1-source/bin:$PATH

source /etc/profile

查看subread版本信息。

subread-align -v

回顯如下信息則表示subread安裝成功。

Subread-align v2.0.1

鯤鵬

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