鯤鵬云服務器移植bowtie

Bowtie是一個快速的，較為節省內存的短序列拼接至模板基因組的工具。它在拼接35堿基長度的序列時，可以達到每小時2.5億次的拼接速度。Bowtie并不是一個簡單的拼接工具，它不同于Blast等。它適合的工作是將小序列對比至大基因組上去。它最長能讀取1024個堿基的片段。

建議的版本

建議使用版本為“bowtie 1.2.3”。

云服務器要求

本文以云服務器KC1實例測試，云服務器配置如表 云服務器配置所示。

項目

說明

規格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盤

系統盤：高IO（40GB）

操作系統要求

操作系統要求如表 操作系統要求所示。

項目

說明

-

CentOS

7.6

在公共鏡像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共鏡像中已提供。

安裝相關依賴。

yum install gcc gcc-c++ zlib-devel -y

獲取“bowtie 1.2.3”源碼包。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/BenLangmead/bowtie/archive/v1.2.3.zip

解壓并進入源碼目錄。

unzip v1.2.3.zip

cd bowtie-1.2.3

修改Makefile文件。

vim Makefile

修改后(加粗為新增加內容，其余的內容不變)。

BITS=32

ifeq (x86_64,$(shell uname -m))

BITS=64

endif

ifeq (aarch64,$(shell uname -m))

BITS=64

endif

# msys will always be 32 bit so look at the cpu arch instead.

ifneq (,$(findstring AMD64,$(PROCESSOR_ARCHITEW6432)))

ifeq (1,$(MINGW))

BITS=64

endif

endif

ifeq (1,$(LINUX))

ifeq (x86_64, $(shell uname -p))

BITS=64

endif

endif

ifeq (32,$(BITS))

$(error bowtie2 compilation requires a 64-bit platform )

endif

#DEBUG_FLAGS = -O0 -g3 -m64

#RELEASE_FLAGS = -O3 -m64

#NOASSERT_FLAGS = -DNDEBUG

#FILE_FLAGS = -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE

M64_FLAG := -m64

ifeq (aarch64,$(shell uname -m))

M64_FLAG :=

endif

添加環境變量。

export NO_TBB=1

export POPCNT_CAPABILITY=0

編譯Bowtie。

make -j4

添加環境變量。

vim /etc/profile

將如下內容寫入文件最后一行。

export?PATH=/usr/local/src/bowtie-1.2.3:$PATH

保存并退出，然后執行如下命令是環境變量生效。

source /etc/profile

查看Bowtie版本信息。

bowtie --version

回顯類似如下信息表示Bowtie安裝成功。

/usr/local/src/bowtie-1.2.3/bowtie-align-s?version?1.2.364-bit...

鯤鵬

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