基因數據分析軟件遷移-rstudio-server

安裝rstudio需要優先準備R語言環境，R語言環境準備請參考，推薦安裝4.1+版本：

https://ic-openlabs.huawei.com/chat/#/

下載rstudio源碼包到本地

wget -c https://github.com/rstudio/rstudio/archive/refs/tags/v1.4.1717.zip -O rstudio.zip

解壓源碼包

unzip rstudio.zip

進入解壓目錄

cd rstudio-1.4.1717

進入依賴安裝目錄

cd dependencies/linux

注釋install-dependencies-yum行47、48行內容(yum源暫不包含，需要手工安裝)

修改rstudio-1.4.1717/dependencies/common/install-npm-dependencies為如下(默認下載的npm包為x86包)

安裝ant

參考：https://ic-openlabs.huawei.com/chat/#/

如果是root用戶，必須執行這條命令去除腳本中的sudo

sed -i 's/^sudo//' ./install-dependencies-yum

執行命令安裝依賴

./install-dependencies-yum

退出到rstudio-1.4.1717，創建并進入構建目錄

mkdir build

cd build

執行編譯(推薦指定安裝目錄)

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/yourpath/rstudio-1.4.1717 -DRSTUDIO_TARGET=Server -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release

make -j 96

make install

執行啟動前配置

運行rstudio需要rstudio-server(默認)用戶，因此需要創建用戶

useradd rstudio-server

拷貝認證文件

cp /yourpath/rstudio-1.4.1717/extras/pam/rstudio /etc/pam.d/

給認證文件賦權

chmod 744 /etc/pam.d/rstudio

拷貝啟動文件

cp /yourpath/rstudio-1.4.1717/extras/systemd/rstudio-server.service /usr/lib/systemd/system/

systemctl daemon-reload

運行rsession打開會話需要普通用戶，創建一個會話運行用戶

useradd test

給會話運行用戶設置密碼

echo 123456 | passwd --stdin test

關閉防火墻

systemctl stop firewalld

！！！需要給rstudio的安裝目錄,R的安裝目錄及子目錄賦讀寫執行權限(用戶rstudio-server,test)！！！

啟動rstudio

systemctl start rstudio-server.service

檢查8787端口是否監聽

netstat -antupl | grep 8787

訪問(http://ip:8787,登入用戶：test，密碼：123456)

備注：

編譯安裝對網絡要求較高，網絡條件有限情況下，可以按需購買一臺香港的云服務器，執行依賴安裝后(步驟11)依賴會下載到/opt/rstudio-tools目錄下，將此目錄打包保存，后續編譯將包解壓到目的服務器上，解壓到/opt/目錄，則可無需依賴訪問谷歌等網絡需求

基因測序

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