鯤鵬云服務(wù)器移植RNACocktail

RNACocktail-pipeline由用于RNA-Seq分析不同步驟的高精度工具組成。它可以對短讀技術(shù)和長讀技術(shù)進行廣譜的RNA-Seq分析，以從轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中獲得有意義的解析。

開發(fā)語言：python

一句話描述：準確高效的RNA-Seq分析的綜合框架

開源協(xié)議：Apache 2.0

建議的版本

根據(jù)實際需要選擇版本，本文檔以“RNACocktail release 0.3.1”為例進行說明。

云服務(wù)器要求

本文以云服務(wù)器KC1實例測試，云服務(wù)器配置如表 云服務(wù)器配置所示。

項目

說明

規(guī)格

kc1.large.2 | 2vCPUs | 4GB

磁盤

系統(tǒng)盤：高IO（40GB）

操作系統(tǒng)要求

操作系統(tǒng)要求如表 操作系統(tǒng)要求所示。

項目

說明

-

CentOS

7.6

在公共鏡像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共鏡像中已提供。

安裝相關(guān)依賴。

yum install python2 python2-devel BEDTools zlib-devel bzip2-devel xz-devel -y

安裝samtools，參考https://www.huaweicloud.com/kunpeng/software/samtools.html

安裝hisat2，參考https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpenghpcs/kunpenghpcs_prtg_0014.html

安裝stringtie，參考https://www.huaweicloud.com/kunpeng/software/stringtie.html

安裝相關(guān)python包。

pip install pybedtools

獲取“RNACocktail release 0.3.1”源碼包。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/bioinform/rnacocktail/archive/v0.3.1.tar.gz

解壓并進入源碼目錄。

tar -zxvf v0.3.1.tar.gz

cd rnacocktail-0.3.1

執(zhí)行編譯腳本。

python setup.py install

編輯測試腳本

測試腳本中直接使用下載的x86版的stringtie、hisat2和smatools進行測試，在鯤鵬服務(wù)器上無法使用，因此需要把腳本中的相應(yīng)軟件替換成我們自己安裝的版本。

cd test

vim test_run.sh

修改前

echo "Download HISAT2 binaries"

wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.0.5-Linux_x86_64.zip

echo "Unzip HISAT2 binaries"

unzip hisat2-2.0.5-Linux_x86_64.zip

echo "Index genome with HISAT2"

./hisat2-2.0.5/hisat2-build Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.chromosome.21.fa Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.chromosome.21.HISAT2

echo "Test alignment step using HISAT2"

run_rnacocktail.py align --align_idx Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.chromosome.21.HISAT2 --outdir out --workdir work --ref_gtf Homo_sapiens.GRCh37.75.chromosome.21.gtf --1 ../A1_1.fq.gz ?--2 ../A1_2.fq.gz --hisat2 hisat2-2.0.5/hisat2 --hisat2_sps hisat2-2.0.5/hisat2_extract_splice_sites.py ?--samtools samtools --sample A

echo "Download StringTie binaries"

wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-1.3.3.Linux_x86_64.tar.gz

echo "Untar StringTie binaries"

tar -xzvf stringtie-1.3.3.Linux_x86_64.tar.gz

echo "Test reconstruction step using StringTie"

run_rnacocktail.py reconstruct --alignment_bam work/hisat2/A/alignments.sorted.bam --outdir out --workdir work --ref_gtf Homo_sapiens.GRCh37.75.chromosome.21.gtf --stringtie stringtie-1.3.3.Linux_x86_64/stringtie --sample A

修改后(加粗部分需要修改，其他部分不變。加“#”為屏蔽掉stringtie和hisat2的下載和安裝，因為我們自己已經(jīng)安裝過了。其他加粗部分分別為hisat2、samtools和stringtie的安裝路徑)

#echo "Download HISAT2 binaries"

#wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.0.5-Linux_x86_64.zip

#echo "Unzip HISAT2 binaries"

#unzip hisat2-2.0.5-Linux_x86_64.zip

echo "Index genome with HISAT2"

/opt/hisat2-2.0.5/hisat2-build Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.chromosome.21.fa Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.chromosome.21.HISAT2

echo "Test alignment step using HISAT2"

run_rnacocktail.py align --align_idx Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.chromosome.21.HISAT2 --outdir out --workdir work --ref_gtf Homo_sapiens.GRCh37.75.chromosome.21.gtf --1 ../A1_1.fq.gz ?--2 ../A1_2.fq.gz --hisat2 /opt/hisat2-2.0.5/hisat2 --hisat2_sps /opt/hisat2-2.0.5/hisat2_extract_splice_sites.py ?--samtools /usr/bin/samtools --sample A

#echo "Download StringTie binaries"

#wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-1.3.3.Linux_x86_64.tar.gz

#echo "Untar StringTie binaries"

#tar -xzvf stringtie-1.3.3.Linux_x86_64.tar.gz

echo "Test reconstruction step using StringTie"

run_rnacocktail.py reconstruct --alignment_bam /opt/hisat2-2.0.5/A/alignments.sorted.bam --outdir out --workdir work --ref_gtf Homo_sapiens.GRCh37.75.chromosome.21.gtf --stringtie /opt/stringtie/stringtie --sample A

執(zhí)行測試腳本

./test_run.sh

執(zhí)行完畢后再最后一行會出現(xiàn)“All Done!”的回顯信息，

鯤鵬

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