鯤鵬云服務(wù)器移植SpeedSeq

簡要介紹

Speedseq是一個快速基因組分析和注釋的靈活框架，發(fā)表在Nature Method（http://www.nature.com/nmeth/journal/vaop/ncurrent/full/nmeth.3505.html）上封裝了大量基因組分析的軟件，比如比對軟件BWA，calling SNP軟件freebays，SV鑒定軟件lumpy等。

開發(fā)語言：C

一句話描述：快速基因組分析和解析的框架

開源協(xié)議：MIT

建議的版本

根據(jù)實際需要選擇版本，本文檔以“speedseq 最新版”為例進行說明。

云服務(wù)器要求

本文以云服務(wù)器KC1實例測試，云服務(wù)器配置如表 云服務(wù)器配置所示。

項目

說明

規(guī)格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盤

系統(tǒng)盤：高IO（40GB）

操作系統(tǒng)要求

操作系統(tǒng)要求如表 操作系統(tǒng)要求所示。

項目

說明

-

CentOS

7.6

在公共鏡像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共鏡像中已提供。

安裝相關(guān)依賴

yum install -y gcc gcc-c++ make cmake python2 python2-numpy scipy gawk zlib zlib-devel bzip2-devel xz-devel ncurses-devel

安裝HTSlib

安裝cython

pip install cython

安裝pysam

pip install cython

pip install pysam

獲取“speedseq最新版”源碼包。

cd /usr/local/src

git clone --recursive https://github.com/hall-lab/speedseq.git

進入speedseq目錄

cd /usr/local/src/speedseq

下載“sse2neon.h”文件

wget https://github.com/jratcliff63367/sse2neon/archive/master.zip

unzip master.zip

mv ./sse2neon-master/SSE2NEON.h ./sse2neon-master/sse2neon.h

cp ./sse2neon-master/sse2neon.h ./src/bwa

修改“ksw.c”程序中引用的頭文件，注釋掉“#include ”，增加“#include "sse2neon.h"”，修改完成后，保存退出。

vim ./src/bwa/ksw.c

4.編譯speedseq

make -j4

5.生成的speedseq工具加入環(huán)境變量

編輯/etc/profile

vim /etc/profile

在文件末尾加入如下內(nèi)容：

export?PATH="$PATH:/usr/local/src/speedseq/bin"

按Esc，輸入wq！退出

環(huán)境變量生效

source ?/etc/profile

執(zhí)行如下命令，查看speedseq版本。

speedseq

回顯信息如下，則表示speedseq安裝成功。

故障排除

問題描述：

執(zhí)行make，報“configure: error: cannot guess build type; you must specify one”錯誤。

問題原因：

通過截圖看出，進入src/mbuffer，執(zhí)行./configure --prefix=/usr/local/src/speedseq步驟時候，不能匹配到機器類型。

解決方法：

通過修改配置“config.sub”后，指定配置類型進行解決。

修改配置文件。

cd /usr/local/src/speedseq

vi ./src/mbuffer/config.sub

查找“x86”內(nèi)容的位置，在其位置后面增加“aarch64”類型。

在“case $basic_machine in”區(qū)域的兩個位置修改。

修改下述內(nèi)容。

|?x86?|?xscale?|?xscalee[bl]?|?xstormy16?|?xtensa?\

修改后為：

|?x86?|?aarch64?|?xscale?|?xscalee[bl]?|?xstormy16?|?xtensa?\

修改下述內(nèi)容。

|?x86-*?|?x86_64-*?|?xps100-*?|?xscale-*?|?xscalee[bl]-*?\

修改后為：

|?x86-*?|?aarch64-*?|?x86_64-*?|?xps100-*?|?xscale-*?|?xscalee[bl]-*?\

修改Makefile

vim Makefile

修改生成mbuffer部分的腳本，在./configure后面加參數(shù)--host=aarch64 --build=aarch64，修改后內(nèi)容如下：

鯤鵬

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