鯤鵬云服務器移植mieDeep2

簡要介紹

mirDeep2是用于在深度測序數據中鑒定未知和已知miRNA的軟件包。此外，它可用于跨樣品的miRNA表達譜分析。

建議的版本

根據實際需要選擇版本，本文檔以“mideep2-0.1.2”為例進行說明。

云服務器要求

本文以云服務器KC1實例測試，云服務器配置如表 云服務器配置所示。

項目

說明

規格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盤

系統盤：高IO（40GB）

操作系統要求

操作系統要求如表 操作系統要求所示。

項目

說明

-

CentOS

7.6

在公共鏡像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共鏡像中已提供。

安裝相關依賴。

yum install -y gcc gcc-c++ make cmake perl-ExtUtils-CBuilder perl-ExtUtils-MakeMaker perl-Digest-MD5 perl-autodie perl-CPAN perl-CPAN-Meta-Requirements

安裝相關perl包。

perl -MCPAN -e shell

進入命令終端，輸入如下命令進行安裝perl包。

install Compress::Zlib

安裝過程中所有的詢問全部輸入回車。

獲取“mideep2-0.1.2”源碼包。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2/archive/v0.1.2.tar.gz

解壓并進入源碼包。

tar -zxvf v0.1.2.tar.gz && cd mirdeep2-0.1.2

修改安裝腳本。修改地391行，在“./configure”后面加上“--buid=arm”。

vim install.p

修改前

'./configure?--prefix=$dir/essentials/ViennaRNA-1.8.4/install_dir';

修改后

'./configure?--build=arm?--prefix=$dir/essentials/ViennaRNA-1.8.4/install_dir';

執行安裝腳本。

perl ?install.pl

如果是首次安裝，該命令需要連續執行兩次。

重新加載環境變量。

source ~/.bashrc

重新安裝bowtie，因為直接使用腳本安裝無法成功安裝bowtie，需要下載bowtie-1.2.3源碼，更改Makefile文件重新編譯。具體方法參考https://bbs.huaweicloud.com/blogs/174801

移除mideep2安裝的bowtie相關文件

rm -rf /usr/local/src/mirdeep2-0.1.2/bin/bowtie*

執行測試腳本。

cd tutorial_dir/

bash run_tut.sh

執行完畢后會出現類似如下回顯。

...

fasta and bed files have been created in subfolder mirna_results_11_06_2020_t_14_44_20

miRDeep runtime:

startrd: 14:44:20

ended: 14:45:05

total: 0h:0m:45s

...

鯤鵬

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