鯤鵬云服務器源碼安裝STAR-Fusion

STAR-Fusion是一款基于STAR比對結果進行融合基因鑒定的軟件。

根據實際需要選擇版本，本文檔以“STAR-Fusion-v1.6.0”為例進行說明。

云服務器要求

本文以云服務器KC1實例測試，云服務器配置如表 云服務器配置所示。

項目

說明

規格

kc1.3xlarge.4 | 12vCPUs | 48GB

磁盤

系統盤：高IO（80GB）

操作系統要求

操作系統要求如表 操作系統要求所示。

項目

說明

-

CentOS

7.6

在公共鏡像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共鏡像中已提供。

安裝相關依賴。

yum install perl-ExtUtils-MakeMaker perl-Data-Dumper perl-DB_File perl-JSON-XS -y

安裝STAR-2.7.0f,參考https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpenghpcs/kunpenghpcs_prtg_0022.html

安裝samtools，參考https://www.huaweicloud.com/kunpeng/software/samtools.html

獲取“STAR-Fusion-v1.6.0”源碼包。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/STAR-Fusion/STAR-Fusion/releases/download/v1.6.0/STAR-Fusion-v1.6.0.FULL.tar.gz

解壓并進入進入源碼包。

tar -zxvf STAR-Fusion-v1.6.0.FULL.tar.gz && cd STAR-Fusion-v1.6.0

編譯STAR-Fusion。

make -j12

下載測試所需的文件。

cd /opt

wget https://data.broadinstitute.org/Trinity/CTAT_RESOURCE_LIB/__genome_libs_StarFv1.6/GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Mar272019.plug-n-play.tar.gz

tar -zxvf GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Mar272019.plug-n-play.tar.gz

執行測試程序。

cd /usr/local/src/STAR-Fusion-v1.6.0/testing

gzip -d reads_1.fq.gz

gzip -d reads_2.fq.gz

../STAR-Fusion --left_fq reads_1.fq --right_fq reads_2.fq --genome_lib_dir ?/opt/GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Mar272019.plug-n-play/ctat_genome_lib_build_dir --CPU 12

執行完畢后出在當先目錄下生成一個“STAR-Fusion_outdir”目錄，輸出文件全部在該目錄中，并且現如下回顯。

* STAR-Fusion complete. See output: star-fusion.fusion_candidates.tsv(or .abridged.tsv version)

鯤鵬

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