鯤鵬云服務器源碼安裝BreakDancer

BreakDancer是一個C++軟件包，可提供下一代配對末端測序讀取的全基因組結構變異檢測。它包括兩個補充程序，BreakDancerMax預測五種類型的結構變異；BreakDancerMini專注于使用正態映射的讀取對檢測小插入缺失。

云服務器要求

本文以云服務器KC1實例測試，云服務器配置如表 云服務器配置所示。

項目

說明

規格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盤

系統盤：高IO（40GB）

操作系統要求

操作系統要求如表 操作系統要求所示。

項目

說明

-

CentOS

7.6

在公共鏡像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共鏡像中已提供。

安裝相關依賴。

yum install wget git cmake make zlib-devel ncurses ncurses-devel bzip2 gcc -y

安裝gcc8.3。

請參見https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpengcpl/gcc_01_0001.html安裝。

獲取“BreakDance”源碼包。

cd /usr/local/src

git clone --recursive ?https://github.com/genome/breakdancer.git

創建build目錄。

cd breakdancer

mkdir build && cd build

創建Makefile文件。

cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=release -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/breakdancer

編譯安裝BreakDancer。

make -j4 && make install

查看可執行程序幫助信息。

/usr/local/breakdancer/bin/breakdancer-max --help

當系統回顯類似如下信息是，表示BreakDancer安裝成功執行成功。

breakdancer-max version 1.4.5-unstable-66-4e44b43-dirty (comit 4e44b43-dirty)

usage: breakdancer-max

Options:

-o STRING ? ? ? ? ? ?operate on a single chromesome ?[all chromosome]

-s INT ? ? ? ? ? ? ? minimum length of a region [7]

... ? ? ? ? ? ? ? ? ?...

鯤鵬

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