基因測序：鯤鵬kc1源碼方式安裝軟件Oncotator

Oncotator是一種使用與癌癥研究人員相關的數據來注釋人類基因組點突變和插入缺失的工具。

1?????? 安裝準備

華為云購買一臺鯤鵬服務器

本文以云服務器KC1實例搭建，云服務器配置如表1-1所示。

表1-1?云服務器配置

項目

說明

規格

kc1.large.2 ? | 4vCPUs | 8GB

磁盤

系統盤：高IO（40GB）

操作系統要求如表1-2所示。

表1-2?操作系統要求

項目

說明

-

CentOS

7.6

在公共鏡像中已提供。

Kernel

4.14.0

在公共鏡像中已提供。

2?????? 配置編譯環境

安裝依賴

yum?install?-y?python-devel?zlib-devel?python-dateutil?libpng-devel

安裝ngslib

cd?/usr/local/src easy_install?--editable?--build-directory?.?ngslib cd?ngslib python?setup.py?install

3?????? 安裝Oncotator

cd?/usr/local/src wget?https://github.com/broadinstitute/oncotator/archive/v1.9.9.0.tar.gz?-O?oncotator-1.9.9.0.tar.gz tar?-zxvf?oncotator-1.9.9.0.tar.gz cd?oncotator-1.9.9.0 python?setup.py?install

4?????? 運行和驗證

查看python所安裝的庫是否包含Oncotator。

pip?list?|?grep?Oncotator

查看版本

oncotator?--version

云計算

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