基因數據分析軟件遷移-cellranger

背景：

cellranger因源碼只開源到3.0.2版本,且3.0.2版本在跑cellranger count基因分析結果出圖表報告使用到tsne算法，cellranger官網提供的cellranger二進制包，發現tsne算法實現較開源tsne算法有做擴展，主要體現在bh_sne函數上。但是這部分擴展3.0.2版本并未給出實現，因此，本次cellranger采用華為自研華為動態二進制翻譯工具（ExaGear）部署.

操作系統需要修改PAGESIZE大小為4K，否則會出現如下錯誤

查看當前操作系統pagesize大小

getconf PAGESIZE

下載kernel源碼包(http://vault.centos.org/7.6.1810/os/Source/SPackages/ )

wget https://vault.centos.org/7.6.1810/os/Source/SPackages/kernel-alt-4.14.0-115.el7a.0.1.src.rpm

詳情可參考(https://ic-openlabs.huawei.com/chat/#/,鯤鵬小智查找"修改pagesize")

安裝exagear(安裝4k版本，https://support.huaweicloud.com/ug-exagear-kunpengdevps/kunpengexagear_06_0003.html)

下載exagear安裝包

wget https://mirrors.huaweicloud.com/kunpeng/archive/ExaGear/ExaGear_1.2.1.1.tar.gz

解壓軟件包

tar -xf ExaGear_1.2.1.1.tar.gz

進入exagear for centos安裝包目錄

cd ExaGear_1.2.1.1/ExaGear_Server_for_Centos7/release

安裝4k包

sudo rpm -ivh exagear-utils-1773-1.noarch.rpm exagear-core-x64a64-1773-1.aarch64.rpm exagear-core-x32a64-1773-1.aarch64.rpm exagear-guest-for-centos-7-x86_64-1773-1.noarch.rpm exagear-integration-1773-1.noarch.rpm

進入exagear環境確認pagesize為4k版本

exagear

getconf PAGESIZE

因測試數據在host側，因此本次采用共享目錄的方式，將測試數據和cellranger二進制包共享到guest側,(以數據文件在本地目錄為例/opt/cellranger)

將/opt/cellranger目錄添加到共享列表(/opt/exagear/images/centos-7-x86_64/.exagear/vpaths-list)中，注意目錄要以"/"結尾。

在guest環境中創建同名目錄(/opt/cellranger)，有其他數據需要共享，也同樣配置。

運行cellranger count

exagear -- /opt/cellranger/cellranger cout --id=tiny ...

至此，cellranger安裝完畢

PS：共享目錄還有另外一種方式

此種方式，需要保證guest側目錄絕對路徑與host側絕對路徑相同，否則cellranger結果目錄會生成在guest的根目錄下

基因測序

版權聲明：本文內容由網絡用戶投稿，版權歸原作者所有，本站不擁有其著作權，亦不承擔相應法律責任。如果您發現本站中有涉嫌抄襲或描述失實的內容，請聯系我們jiasou666@gmail.com 處理，核實后本網站將在24小時內刪除侵權內容。

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