基因數(shù)據(jù)分析軟件遷移-monocle3

安裝devtools

install.packages("devtools")

按提示安裝libgit2-devel

yum install -y libgit2-devel

再次執(zhí)行步驟1，devtools安裝成功

執(zhí)行monocle3安裝

devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3', ref="develop")

出現(xiàn)如上報錯：安裝gdal-config，下載軟件包

wget https://github.com/OSGeo/gdal/archive/refs/tags/v3.3.3.tar.gz -o gdal-3.3.3.tar.gz

解壓軟件包

tar –xf gdal-3.3.3.tar.gz

進入解壓目錄

cd gdal-3.3.3/gdal/

執(zhí)行編譯

./autogen.sh

./configure --with-python=/usr/bin/python3

提示需要安裝PROJ，下載軟件包

wget https://github.com/OSGeo/PROJ/archive/refs/tags/8.1.1.tar.gz -o PROJ-8.1.1.tar.gz

解壓軟件包

tar –xf PROJ-8.1.1.tar.gz

進入解壓目錄

cd PROJ-8.1.1

執(zhí)行編譯安裝

./autogen.sh

./configure && make && make install

13.切換到步驟7 gdal 目錄

./configure --with-python=/usr/bin/python3

make –j 96

需要安裝numpy，推薦優(yōu)先安裝pip，下載軟件包

wget https://files.pythonhosted.org/packages/ce/ea/9b445176a65ae4ba22dce1d93e4b5fe182f953df71a145f557cffaffc1bf/pip-19.3.1.tar.gz

解壓軟件包

tar –xf pip-19.3.1.tar.gz

進入解壓目錄

cd pip-19.3.1

執(zhí)行安裝

python3 setup.py install

安裝numpy

pip install numpy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

切換到gdal 目錄,執(zhí)行編譯安裝

make –j 16 && make install

驗證gdal-config 安裝成功

21.再次執(zhí)行步驟4

遇到以上報錯,安裝如下依賴

yum install -y geos-devel udunits2-devel freetype-devel libpng-devel libtiff-devel libjpeg-turbo-devel

執(zhí)行步驟4

安裝依賴R包

BiocManager::install(c("batchelor","BiocParallel","DelayedMatrixStats"))

執(zhí)行步驟4

驗證

library("monocle3")

數(shù)據(jù)挖掘

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