基因數據分析軟件遷移-inferCNV

包安裝需要使用BiocManager，優先安裝BiocManager

Install.package(“BiocManager”)

導入BiocManager包

library(BiocManager)

安裝inferCNV

BiocManager::install("inferCNV")

安裝出現如下錯誤

下載包到服務器本地，命令行安裝

wget https://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/infercnv_1.10.0.tar.gz

命令行執行安裝

R CMD INSTALL infercnv_1.10.0.tar.gz

在rstudio console會話中使用install.packages(“包名”)安裝以上依賴，若果遇到install.packages無法安裝，則使用BiocManager::install(“包名”)安裝

依賴中rjags 依賴JAGS, 步驟7方式安裝會報錯

需要安裝JAGS后再返回安裝rjags，下載JAGS到服務器本地

wget https://sourceforge.net/projects/mcmc-jags/files/JAGS/4.x/Source/JAGS-4.3.0.tar.gz

解壓軟件包

tar -xf JAGS-4.3.0.tar.gz

進入解壓目錄

cd JAGS-4.3.0/

執行編譯

./configure --enable-shared

提示需要安裝lapack

yum install -y lapack lapack-devel

再次執行步驟12

編譯安裝

make && make install

再次執行rjags安裝

Install.packages(“rjags”)

因為rsession是普通用戶啟動，權限不足，切換到linux(root用戶) R命令行終端安裝

安裝完成后，回到rstudio 會話導入包

library("rjags")

可以看到無法訪問安裝好的JAGS庫，需要為rsession 登入用戶（test）添加JAGS的訪問權限

賦權后導入成功

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