基因數據分析軟件遷移-samtools

下載源碼到本地服務器

wget https://github.com/samtools/samtools/archive/refs/tags/1.14.tar.gz -o samtools-1.14.tar.gz

解壓軟件包

tar –xf samtools-1.14.tar.gz

進入解壓目錄

cd samtools-1.14

samtools依賴htslib，需要將htslib下載到本地

下載htslib源碼包

wget https://github.com/samtools/htslib/archive/refs/tags/1.14.tar.gz -o htslib-1.14.tar.gz

解壓軟件包

tar htslib-1.14.tar.gz

此工程同樣依賴外部工程

將依賴下載到htslib源碼包目錄中

wget https://github.com/samtools/htscodecs/archive/refs/tags/v1.1.1.tar.gz -o hdscodes-1.1.1.tar.gz

解壓hdscodes依賴，并將解壓目錄重命名為hdscodes

tar –xf hdscodes-1.1.1.tar.gz

mv hdscodes-1.1.1 hdscodes

在htdcodes工程目錄下添加如下文件

執行編譯（切換到samtools源碼目錄）

Autoheader

autoconf -Wno-syntax

./configure --with-htslib=./htslib-1.14

make && make install

最后將生成的samtools可執行文件拷貝到PATH路徑即可

注意事項：

10-1. 如果有條件可以使用如下命令克隆htslib工程

git clone https://github.com/samtools/htslib.git --recursive

此方式無需手動添加version.h,步驟8可跳過

10-2. 如果出現如下錯誤，則表示htdscodes/htdscodes/version.h缺失,需要執行步驟8

版權聲明：本文內容由網絡用戶投稿，版權歸原作者所有，本站不擁有其著作權，亦不承擔相應法律責任。如果您發現本站中有涉嫌抄襲或描述失實的內容，請聯系我們jiasou666@gmail.com 處理，核實后本網站將在24小時內刪除侵權內容。