Samtools（CentOS Linux）安裝及常用命令詳解

序列比對（將測序reads與已知序列信息的基因或基因組進行比對）是高通量測序數據分析中最重要的一環，無論是轉錄組還是重測序都是基于比對結果來進行后續各項分析的，比對結果格式比較常見的是sam和bam文件，例如轉錄組Tophat分析軟件輸出的比對結果為.bam文件，而重測序中BWA、bowtie等比對軟件則主要輸出為.sam文件。

samtools是一個用于操作sam和bam文件的工具軟件，能夠對比對文件進行二進制查看、格式轉換、排序及合并等，結合sam格式中的flag、tag等信息，還可以完成比對結果的統計匯總，是處理sam和bam文件不可或缺的神器！

1.下載安裝包

http://www.htslib.org/download/

2. 安裝依賴

yum install bzip2-devel ncurses-libs ncurses-devel xz-devel zlib-devel

3.編譯安裝

tar xvf samtools-1.9.tar.bz2

cd samtools-1.9

./configure --prefix=/opt/samtools1.9

make

make install

4.配置環境變量

gedit ~/.bashrc

#Samtools1.9

export PATH=/opt/samtools1.9/bin:$PATH

source ~/.bashrc

5.運行：samtools

samtools常用命令詳解

1. view

view命令的主要功能是：將sam文件轉換成bam文件；然后對bam文件進行各種操作，比如數據的排序(不屬于本命令的功能)和提取(這些操作是對bam文件進行的，因而當輸入為sam文件的時候，不能進行該操作)；最后將排序或提取得到的數據輸出為bam或sam（默認的）格式。

bam文件優點：bam文件為二進制文件，占用的磁盤空間比sam文本文件小；利用bam二進制文件的運算速度快。

view命令中，對sam文件頭部的輸入(-t或-T）和輸出(-h)是單獨的一些參數來控制的。

Usage: samtools view [options] | [region1 [...]]

默認情況下不加 region，則是輸出所有的 region.

Options: -b ? ? ? output BAM

默認下輸出是 SAM 格式文件，該參數設置輸出 BAM 格式

-h ? ? ? print header for the SAM output

默認下輸出的 sam 格式文件不帶 header，該參數設定輸出sam文件時帶 header 信息

-H ? ? ? print header only (no alignments)

-S ? ? ? input is SAM

默認下輸入是 BAM 文件，若是輸入是 SAM 文件，則最好加該參數，否則有時候會報錯。

-u ? ? ? uncompressed BAM output (force -b)

該參數的使用需要有-b參數，能節約時間，但是需要更多磁盤空間。

-c ? ? ? Instead of printing the alignments, only count them and print the

total number. All filter options, such as ‘-f’, ‘-F’ and ‘-q’ ,

are taken into account.

-1 ? ? ? fast compression (force -b)

-x ? ? ? output FLAG in HEX (samtools-C specific)

-X ? ? ? output FLAG in string (samtools-C specific)

-c ? ? ? print only the count of matching records

-L FILE ?output alignments overlapping the input BED FILE [null]

-t FILE ?list of reference names and lengths (force -S) [null]

使用一個list文件來作為header的輸入

-T FILE ?reference sequence file (force -S) [null]

使用序列fasta文件作為header的輸入

-o FILE ?output file name [stdout]

-R FILE ?list of read groups to be outputted [null]

-f INT ? required flag, 0 for unset [0]

-F INT ? filtering flag, 0 for unset [0]

Skip alignments with bits present in INT [0]

數字4代表該序列沒有比對到參考序列上

數字8代表該序列的mate序列沒有比對到參考序列上

-q INT ? minimum mapping quality [0]

-l STR ? only output reads in library STR [null]

-r STR ? only output reads in read group STR [null]

-s FLOAT fraction of templates to subsample; integer part as seed [-1]

-? ? ? ? longer help

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CentOS linux

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