基因數(shù)據(jù)分析軟件遷移-bwa

下載源碼到本地服務(wù)器

wget https://github.com/lh3/bwa/archive/refs/tags/v0.7.17.tar.gz -o bwa-0.7.17.tar.gz

解壓軟件包

tar –xf bwa-0.7.17.tar.gz

進(jìn)入解壓目錄

cd bwa-0.7.17

執(zhí)行編譯

make

此報(bào)錯(cuò)表示工程依賴SSE（x86）指令，針對(duì)此情況，鯤鵬推出AvxToNeon工程做出部分實(shí)現(xiàn)

克隆工程到本地

git clone https://github.com/kunpengcompute/AvxToNeon.git

拷貝所有.h后綴文件到/usr/include目錄下

cp *.h /usr/include/.

再次進(jìn)行編譯

make

生成結(jié)果如上

將可執(zhí)行文件拷貝到/usr/local/bin

cp bwa /usr/local/bin

驗(yàn)證結(jié)果

注意事項(xiàng)

由于AvxToNeon工程Tag處資源更新時(shí)間久遠(yuǎn)，且工程為定向開源，所以可能出現(xiàn)部分指令沒有實(shí)現(xiàn)，會(huì)出現(xiàn)類似如下報(bào)錯(cuò)：

因此優(yōu)先從工程目錄下查找

將查找到的實(shí)現(xiàn)復(fù)制添加到/usr/include/emmintrin.h即可

基因測(cè)序

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