基因數據分析軟件遷移-monocle

安裝monocle（推薦使用新包monocle3）

devtools::install_github("cole-trapnell-lab/monocle-release@develop")

如果出現如上報錯，查看BiocGenerics版本

packageVersion("BiocGenerics")

需要將BiocGenerics降為0.38.0,下載源碼包(注意版本)

wget https://codeload.github.com/Bioconductor/BiocGenerics/zip/refs/heads/RELEASE_3_13 -o BiocGenerics-RELEASE_3_13.zip

解壓軟件包

unzip BiocGenerics-RELEASE_3_13.zip

進入解壓目錄

cd BiocGenerics-RELEASE_3_13

執行安裝，并查看版本

R CMD INSTALL .

執行步驟1

stringr版本更新：str_join已經更名為str_c

步驟1安裝失敗，會在/tmp目錄緩存下載回來的包(例如：/tmp/RtmpTVFExb/file707d838db7850/monocle_2.3.6.tar.gz)

進入目錄/tmp/RtmpTVFExb/file707d838db7850/

解壓monocle_2.3.6.tar.gz

tar –xf monocle_2.3.6.tar.gz

進入解壓目錄

cd monocle_2.3.6

修改R/plotting.R內容如下

608行：str_join修改為str_c

641行

執行安裝

R CMD INSTALL .

注：在rstudio中使用需要以遞歸方式給R語言安裝目錄目錄再次為rsession會話用戶賦訪問權限

驗證

基因測序

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