鯤鵬云服務器安裝pindel

Pindel可以從下一代序列數據中以單基因分辨率檢測大缺失、中等大小插入、倒位、串聯重復和其他結構變異的斷點。

云服務器要求

本文以云服務器KC1實例測試，云服務器配置如表 云服務器配置所示。

項目

說明

規格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盤

系統盤：高IO（40GB）

操作系統要求

操作系統要求如表 操作系統要求所示。

項目

說明

-

CentOS

7.6

在公共鏡像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共鏡像中已提供。

安裝相關依賴

yum install git ?-y

安裝HTSlib依賴。

yum install zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel -y

安裝HTSlib。

下面命令行中，“”為HTSlib安裝目錄，請配置為實際待安裝的路徑。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.10.2/htslib-1.10.2.tar.bz2

tar -jxvf htslib-1.10.2.tar.bz2

cd htslib-1.10.2

./configure --prefix=

make -j4 && make install

ln -s /usr/local/lib/libhts.so.3 /usr/lib/libhts.so.3

sudo ldconfig

獲取“pindel v0.2.5b8”源碼包。

cd /usr/local/src

git clone https://github.com/genome/pindel.git

進入源碼包。

cd pindel

編譯Pindle。

下面命令行中，“”為HTSlib安裝目錄。

./INSTALL

查看Pindel版本信息。

./pindel -v

當系統回顯類似如下信息是，表示Pindel安裝成功。

Initializing parameters...

argument of -v lacking

Pindel verison 0.2.5b9,20160729.

Required oarameter -f/--fasta the reference genome sequences in fasta format needs to be set.

2 故障排除

問題描述：

執行時，提示信息如下：

[root@ecs?~]?delly?-vdelly:?error?while?loading?shared?libraries:?libhts.so.3:?cannot?open?shared?object?file:?No?such?file?or?directory

問題原因：

linux缺少動態連接庫“.so”，或者動態鏈接庫存在，但是路徑不在系統搜索路徑里，導致程序鏈接不到報錯。

解決方法：

本文是由于安裝HTSlib后，庫“libhts.so.3”在“/usr/local/lib”目錄下，導致系統無法判斷該庫放在哪個目錄下。

可以采用如下辦法解決。

ln -s /usr/local/lib/libhts.so.3 /usr/lib/libhts.so.3

sudo ldconfig

鯤鵬

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