鯤鵬云服務器安裝Control-FREEC

Control-FREEC是使用居里研究所（巴黎）生物信息學實驗室最初開發的深度測序數據檢測拷貝數變化和等位基因失衡（包括LOH）的工具。

云服務器要求

本文以云服務器KC1實例測試，云服務器配置如表 云服務器配置所示。

項目

說明

規格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盤

系統盤：高IO（40GB）

操作系統要求

操作系統要求如表 操作系統要求所示。

項目

說明

-

CentOS

7.6

在公共鏡像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共鏡像中已提供。

安裝相關依賴。

yum install zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel -y

獲取“FREEC-11.5”源碼包。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/BoevaLab/FREEC/archive/v11.5.tar.gz -O FREEC-11.5.tar.gz

解壓并進入源碼目錄。

tar -zxvf FREEC-11.5.tar.gz

cd FREEC-11.5

將“Makefile.freec”中內容“-m64”去掉。

cd src

sed -i 's/-m64/ /g' Makefile.freec

編譯安裝。

make -j4

cp /usr/local/src/FREEC-11.5/src/freec /usr/bin/

查看版本。

freec

當系統回顯類似如下信息是，表示Control-FREEC安裝成功。

[root@ecs ~]# freec

Control-FREEC V11.5 : a method for automatic detection of copy number alterations, subclones and for accurate estimation of contamination and main ploidy using deep-sequencing data

Please specify a config file

Usage:

freec -conf

See config.txt for example

鯤鵬

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