PyMOL | PyMOL繪圖教程（一）

Win10（64位）系統下安裝Pymol（1.8.6）

Linux（CentOS 7）（64位）系統下安裝Pymol（1.8.6）

Pymol（1.8.6）作圖技巧之cartoon和surface鑲嵌模型

Pymol（1.8.6）作圖技巧之創建質心

Pymol | Pymol繪制GridBox圖

PyMOL

PyMOL軟件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一種計算機語言Python所衍生出來的，“MOL”表示它是用于顯示分子（英文為molecule）結構的軟件。為什么選擇Pymol，因為它是強大的分子可視化軟件，具有諸多優點：

高質量科學論文發表圖形

動畫制作

文檔文件和會話文件并存

鼠標操作與命令行操作

免費的開放源碼

缺點：

缺乏足夠的文件資料

沒有UNDO功能

功能不完善

PyMOL官網

https://pymol.org/2/

PyMOL維基

https://pymolwiki.org/index.php/Main_Page

Pymol基本操作

命令行操作

Pymol是區分大小寫的，不過目前為止Pymol還是只用小寫。

Pymol的命令都是由關鍵詞（keyword）加上一些變量（argument）組成，格式如下：

Pymol> keyword argument

其中關鍵詞（keyword） 如load、 zoom、 color、 set等等， 是必須的， ；

而變量則不是必須的，比如退出命令quit就不需要附加變量：

Pymol> quit

通常情況下需要加變量，當不加任何變量時， Pymol會默認一個變量all。

在Internal GUI中，我們經常要用鼠標對界面中的結構進行操作，所以我們一定要熟悉，All指所有的對象，(sele)是選擇的對象按鈕

A:代表對這個對象的各種action，

S：顯示這個對象的某種樣式，

H：隱藏某種樣式，

L：顯示某種label，

C：顯示的顏色

對象選擇

Pymol> load name.pdb, name # 載入pdb文件，并命名

Pymol> fetch object # 直接從網上下載，不用加后綴

#如果打開了多個PDB文件，想暫時關閉/打開某個對象，可以這樣：

Pymol> disable object-name Pymol> enable object-name

#刪除選定的目標或者整個對象：

Pymol> delete selection-name Pymol> delete object-name

對象顯示

Pymol> show representation #以不同方式顯示蛋白質結構

Pymol> hide representation

Pymol>as representation #不論原來有多少種表示形式，只顯示一種

其中representation可以為：cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。

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