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3381
2022-12-25
流式數據分析軟件（流式細胞數據分析軟件）
本篇文章給大家談談流式數據分析軟件，以及流式細胞數據分析軟件對應的知識點，希望對各位有所幫助，不要忘了收藏本站喔。
今天給各位分享流式數據分析軟件的知識，其中也會對流式細胞數據分析軟件進行解釋，如果能碰巧解決你現在面臨的問題，別忘了關注本站，現在開始吧！
對數據進行處理：雙擊fcs格式數據出現流式散點圖（建議首先對空白組細胞先處理），圈門（根據實驗目的選擇合適的圈門工具）并點擊ok確定。
雙擊圈門部位，根據實驗目的以及染料的熒光激發/發射波長，選擇流式圖合適的橫坐標和縱坐標。完成后，關閉處理界面，回到軟件主界面。
對其他數據進行批處理，鼠標拖動已處理文件到All samples。
點擊布局管理器。并拖動已處理文件到布局管理器內。
輸出圖片，可以點擊保存按鈕（命名時需要輸入后綴.png），或者在圖片右擊復制然后黏貼到PPT/Word中。
今天將詳細介紹如何用FlowJo來分析BD公司的機器Accuri C6采集的數據。Accuri C6是一款全功能、雙激光的小型桌面流式細胞儀，有其獨特的優勢。但是Accuri C6自帶的CFlow軟件在分析流式數據方面還存在一些進步的空間，比如：缺乏完善的圖片疊加功能，尤其是其直方圖疊加的效果有待加強；缺乏細胞周期分析工具、增殖分析工具以及動力學分析工具。FlowJo是目前直接可以和它兼容的流式數據分析專業軟件，滿足用戶的數據分析要求。
實際上，用FlowJo分析Accuri C6的流式數據與用FlowJo分析其他流式細胞儀采集的流式數據是一樣的。只不過由于Accuri C6在采集數據的時候不需要設置電壓等特點，在分析Accuri C6數據的時候要做一些簡單的處理。這篇博文將對這些處理步驟做詳細的介紹。
一、在Accuri C6將數據導出為FCS格式
ISAC制定的流式數據的標準格式為FCS格式，Accuri C6的CFlow軟件默認的數據保存格式為其特有的C6格式。因此，在用FlowJo分析Accuri C6數據之前，需要將數據轉換為FCS格式。可參考下面的操作步驟：
1. 打開CFlow軟件，點擊File菜單，在下拉菜單中選擇Open CFlow File or Template，導入采集到的C6格式的數據
2. 點擊File菜單，在下拉菜單中選擇Export FCS File或者Export ALL Sample as FCS
二者的區別是：
Export FCS File：將選定的某個 data well (sample) 輸出為FCS格式的數據，并保存到用戶自建的文件夾里
Export ALL Sample as FCS：將所有的data well (sample) 輸出為FCS格式的數據，并保存到“CFlow-FCS Exports”文件夾里，這個文件夾一般在桌面上
圖1
二、調節坐標軸的范圍
由于Accuri C6在采集數據的時候不需要設置電壓，而且C6能夠采集到的信號范圍位于1-16777216（100-107.22），流式圖中的細胞群可能會由于坐標軸的范圍過大而被壓縮在左下角的位置，如圖2所示：
圖2
這時我們需要合理調節坐標軸的范圍，使細胞群顯示于流式圖的中間位置，從而能明顯地看到細胞分群，便于我們設門。
按照以下步驟操作：
1. 點擊坐標軸右邊的T按鈕（圖3），在下拉菜單中選擇Change displayed parameter range
圖3
2. 打開調節坐標軸范圍的對話框（圖4），在其中輸入合適的范圍，Min為坐標軸的最小值，Max為最大值
圖4
3. 在修改坐標軸范圍的時候，輸入數值后，點擊Apply按鈕查看調整后的效果，如果效果不好，再重新輸入數值，直到達到理想效果后（如圖5）再點擊OK按鈕
圖5
三、對于已經在Accuri C6上進行過熒光補償的數據
對于在Accuri C6上進行過熒光補償的數據，FlowJo會默認對其進行雙指數轉換，并且雙指數轉換中Positive decades的默認值為4.5，而Accuri C6的Positive decades值為7.22，因此會導致在流式圖上會顯示出細胞群的壓縮（如圖6），這種情況下不便于設門而且流式圖的效果也不好。
圖6
此時我們可以將雙指數轉換中Positive decades值調為7.22。具體方法是：點擊T按鈕，在下拉菜單中選擇Change transform values，打開Set Transform Values for對話框，將Positive decades值調為7.22（圖7）
圖7
調整之后，流式圖中的細胞群顯示正常，位于流式圖的中央，便于設門，如圖8所示
先在FSC， SSC散點圖上劃出淋巴細胞gate。然后在此gate基礎上選取T細胞標志染色陽性的細胞群（一般是CD3）。在把CD34陽性的細胞根據CD4 和CD8染色情況形式為散點圖，得到CD4+/CD8-, CD4-/CD8+, 以及雙陽性的比率。如果還有其他細胞標志的染色，再進一步分析。
流式細胞儀數據分析
5.1 數據采集及顯示
光信號轉換成電壓脈沖后，再通過模數轉換器轉換成為計算機能夠儲存處理的數字信號。 流式細胞儀的數據以FSC標準格式存儲，該標準由“分析細胞學協會”制定。
根據FSC標準，數據存儲格式應包括三個文件：樣本獲取文件，數據設置文件和數據分析結果。 4參數（FSC,SSC,FITC和PE）的單細胞分析會生成8位數據。當單個樣品累計收集到10000個細胞時，FCS數據文件為80kB.
數據采集存儲完畢后，細胞亞群可以幾種不同格式顯示。單參數如FSC或FITC（FL1）可使用直方圖，橫軸表示熒光通道。縱軸表示在該通道內收集到的細胞數量（如圖5-1）。處在同一通道的每一細胞均符合該通道的信號值，而且具有相同的信號密度。通道右側信號的熒光強度明顯高于左側，越靠右側熒光亮度越強。 圖5-1 流式數據分析圖
雙參數可在二維散點圖中同時顯示，X軸顯示通道1（FL1），Y軸顯示通道2（FL2）。3維圖通過X,Y,Z三個軸分別顯示每個通道的細胞量（如圖5-1）。
習題：數據采集及顯示
1 在直方圖中橫軸和縱軸分別表示 .
2 二維點圖用于顯示 參數。
3 在CellQuest軟件中3維圖中Z軸代表 .
5.2 設門
通過設門的方法可以定義細胞亞群的區域。如：血樣本是混合細胞群，如果想單獨分析淋巴球細胞，可根據FSC或細胞大小，在FSC,SSC的散點圖中設門，其數據結果只反映淋巴細胞亞群的熒光特性。 圖5-2 全血樣本中淋巴細胞亞群的數據分析圖
習題：設門
1 設門的方法通常用于分析樣本內的指定細胞。（對 錯）
5.3 細胞亞群的數據分析
數據分析包括從點圖中的list-mode文件中顯示數據，然后統計點圖中的細胞分布情況。如前所述，分別有幾種形式的點圖用于顯示數據，而且可通過設門的方法區分指定的細胞亞群。 如圖5-3所示，在淋巴細胞亞群周圍設門，以單獨分析或分選該亞群細胞。
圖5-3 選定淋巴細胞亞群設門
門內細胞的數據結果可在隨后的圖中顯示。在下面的實例中，我們將詳盡闡述細胞亞群百分含量的不同分析方法。 我們可以通過單參數直方圖，二維點圖和三維圖來分析結果。單參數直方圖可定位邊界，二維點圖可設置象限標志。如果需要，還可以建立數據統計表以輸出結果。 直方圖可直觀單個參數的細胞數量。陰性對照用于決定直方圖中單參數的左右邊界（見圖5-4）。左圖中M1為陰性對照峰。右圖中M2為CD3 FITC陽性峰。
圖5-4 陰性對照峰M1（NORM001）和CD3 FITC陽性峰M2（NORM002） 圖5-5的統計結果表明，整個事件共記錄了6000個細胞，門內淋巴細胞2891個。其中M1（陰性）細胞619個，M2（CD3陽性）細胞2272個細胞。淋巴細胞亞群CD3陽性百分含量的統計結果為：M2：2272/2891=78.59%.
圖5-5 直方圖統計結果
二維點圖以雙參數顯示結果，每個點表示一個或多個細胞。圖5-6為陰性對照圖，用于設定陰性對照邊界，全圖劃分為四個象限，以區分陰性細胞、單陽性細胞以及雙陽性細胞。左下象限（LL）為雙陰性細胞，左上象限（UL）為Y軸陽性細胞（CD19 PE），左下象限（LR）為X軸陽性細胞（CD3 FITC），右上象限（UR）為雙陽性細胞（CD19+/CD3+）。
圖5-6 陰性對照組（NORM001）和CD3 FITC/CD19 PE雙染樣本（NORM002） 如圖5-7所示，淋巴細胞亞群雙陽性細胞（CD19+/CD3+）的百分含量為：296/2839=10.43%.
圖5-7 散點圖統計結果 另一個分析方法是劃定區域，也就是設門。我們可以用不同形狀的繪圖工具定義所選區域（如圖5-8所示）；然后統計該區域內指定細胞亞群的百分含量。在圖5-9中，R4門內為CD4陽性，CD3陰性的淋巴細胞亞群，其結果為：40/2866=1.40%.
圖5-8 CD3 FITC/CD4 PE 雙染樣本分析圖 圖5-9 CD3 FITC/CD4 PE 雙染樣本數據統計結果
這種方法在分析不同的供體細胞時存在一個缺陷，因為如果事先定義好細胞亞群的區域或邊界，在隨后的文件中，下一個樣本的細胞亞群位置會發生變化，這就需要操作者重新調整區域或邊界位置。 為避免這種情況的發生，我們采用一種稱為集群分析（cluster analysis）的新方法。BD公司的MultiSETTM 和AttractorsTM軟件就屬于集群分析軟件。該軟件的特點是會隨著整個細胞亞群的移動而移動，自動變換區域或邊界到相應的細胞亞群位置（見圖5-10）。
圖5-10 使用Attractors分析軟件時二維點圖的前后變化對比
5.4 流式細胞儀的其它應用以及數據分析
這些分析方法通常適用于計算離散細胞群的百分含量，對于分析單克隆細胞株分子是否呈陽性并不適用。因為單克隆細胞株是單個細胞群，在大多數情況下，既不是100%陰性，也不是100%陽性，所以我們通過幾何均值法和中位法統計細胞熒光密度和陽性率。如果樣本的統計結果遠遠大于陰性對照組，那么我們認為其結果是陽性的，兩者間的差異越大，說明細胞的表達越高，陽性率越高。 如圖5-11所示，左圖為單細胞群的散射光信號，右圖為陰性對照組和兩種不同抗體染色樣本的峰疊加圖。每個峰的幾何均值分別為2,5和20（從左至右）。
圖5-11 單細胞株分析圖 除檢測陽性率，幾何均值法和中位法還用于分子（接合子）定量分析。
QuantiCALCTM軟件就是使用中值法計算每個細胞的抗體結合位點數。如圖5-12所示，Y軸上的圓圈代表從標準曲線獲取的信息，用于計算每個細胞的接合點位數。 圖5-12 使用QuantiCALC軟件計算每個細胞的抗體結合位點數 我們使用ModFit LTTM軟件進行DNA定量分析。因為DNA峰（G0/G1期，S期和G2M期）不是離散的，所以我們對曲線以下的面積進行積分，以得到每個細胞亞群的百分含量結果。
圖5-13 細胞周期的DNA直方圖
習題：數據分析
1二維點圖和一維直方圖的作用分別是什么？
2 見圖5-4和圖5-5,CD3陰性和陽性的百分含量分別是多少。
3 LL象限代表雙陽性細胞亞群。（對 錯）
4 見圖5-6和圖5-7,淋巴細胞（CD3+/CD19-）的百分含量是多少。
5 只能使用矩形設定細胞區域范圍。（對 錯）
6 使用區域設定法分析樣本有哪些不足。
7 避免細胞亞群移動的分析方法是什么。
8 在定量分析中我們使用哪些分析方法檢測陽性率。
5.5 CellQuest和CellQuest Pro軟件使用
CellQuest和CellQuest Pro軟件是目前運用最為廣泛的流式細胞儀采集及分析軟件。它運行于蘋果電腦上，優質的矢量圖顯示使得操作界面特別優美。現最新的微軟公司的Vista軟件也是仿蘋果操作系統界面的，可想而知在使用CellQuest和CellQuest Pro時的強大功能及視覺質感。CellQuest和CellQuest Pro軟件主安裝在BD FACSCalibur型流式細胞儀上。
1.軟件數據流程
在CellQuest和CellQuest Pro軟件的數據流分為二個部分：方案和數據包。方案是指用戶可以建立采集或分析所需的直方圖或散點圖、設門并定義門與門、門與圖之間的邏輯關系。可以使用方案進行數據采集或分析以往已有的數據。每個采集方案分析樣本后會生成數據包，該數據包中包括了樣本中每個顆粒在各個檢測參數上的數值，格式為FCS2.0或FCS3.0.
數據包必須由方案文件打開，無法單獨顯示，或者可由第三方軟件進行分析，如WinMDI.
2.軟件與儀器的連接
流式細胞儀需要加電開啟后會向計算機發出信息，所以如要進行實驗需要先開啟流式細胞儀，然后再開啟計算機。
1、\x09先開儀器后開計算機，以確保儀器和計算機之間的正常通訊。
2、\x09在蘋果菜單下點擊CellQuest和CellQuest Pro軟件。
3、\x09從Aquire菜單下選擇connet to cytometer.
3.方案與數據之間的關系
CellQuest和CellQuest Pro軟件的方案與數據相互獨立保存，數據包可以由任一方案文件進行分析，分析后不改變數據包中的任何數據。CellQuest和CellQuest Pro軟件中方案內的直方圖或散點圖有三種狀態：Acquire,Analysis和Acquire-Analysis.
當圖的屬性為Acquire時，此圖只限于采集下用，即只當進行檢測時它才能顯示顆粒；
當圖的屬性為Analysis時，此圖只限于分析已保存的數據包，它不能用于采集數據。
當圖的屬性為Acquire-Analysis時，此圖即可用于采集數據也可用于分析已有數據。
所以方便起見，我們一般將方案中的直方圖或散點圖全部設為Acquire-Analysis屬性。
CellQuest Pro CellQuest
4.方案的建立
A選擇實驗參數
默認情況下，FACSCalibur流式細胞儀開機后只打開一根激光器，及五個參數供選擇使用：FS、SS、FL1、FL2、FL3.當我們要使用第二根激光器及FL4通道時需要勾選FL4的選項，儀器自動打開633nm激光器。
B,建立散點圖或直方圖，命名坐標
CellQuest Pro軟件主要工作界面，軟件類似于Office word的工作面，可在A4大小的頁面上進行編輯建立各種直方圖或散點圖。
在CellQuest軟件下，需在選擇Plot菜單，選擇Format來打開圖的屬性對話框，其中包括了關于該圖所有選項。
建立好直方圖或散點圖后，我們需要對所選的參數進行命名，如不修改軟件自動命名為FS、SS、FL1、FL2、FL3和FL4.
在菜單上選擇Acquire欄目，選擇Parameter Description,可出現關于文件存儲和參數命名的對話框。在這個對話框中用P字母來代表每個參數，并在此對每個采集參數進行命名，FL1為CD3FITC,FL2為CD4PE……
C,設門并建立門與圖之間的關系
R與G的關系
R是Region的首個字母，Region一般是指一個閉合形的區域，如矩形區、自由區和圓形區。區域與區域之間可以進行邏輯運算，如AND、OR、NOT等關系。當區域進行運算時軟件引進了算術公式的管理概念：
Gate實際了個代數式，簡稱G,其運算式默認如下：
G1 = R1,或G2=R2
當我們要進行邏輯運算時，可變更為G1=R1 AND R2.此時G1就成了一個算術結果了。
G1=R1 AND R2
G2=R1 NOT R2
G3=R1 OR R2
Region List管理門，可以重命名或刪除門。Gate List是對門進行邏輯運算和標識顏色的工具。
建立門與圖之間的關系
打開要編輯的直方圖或散點圖的屬性對話框，選擇Gate選項，選擇門即可。
D,顯示統計參數
5.儀器的操作
當計算機與流式細胞儀聯機后便會出現以下采集控制框：
在有關儀器操作所有控制選項框都在Cytometer下拉菜單下，同時按住“蘋果”鍵及1、2、3、4便可調取所有控制框：
6.文件的保存及調用
實驗或分析過程中所建的方案可以保存下來，通File下拉菜單可以保存這些方案文件：
如要打開這些分析方案只需雙建方案圖標即可；方案可以分析以往的數據包（前提是方案中的直方圖或散點圖都已定義成Acquire-Analysis屬性），有兩種方案打開以往的數據：
方法一：選擇直方圖或散點圖，打開該圖的屬性框（Plot-》Format），見下圖：
在以上紅色框標注的地方選擇要分析的數據包。
方法二：選中方案中所有的直方圖或散點圖，打開Plots菜單，選擇Chang Data File,打開要分析的數據包。 關于流式數據分析軟件和流式細胞數據分析軟件的介紹到此就結束了，不知道你從中找到你需要的信息了嗎 ？如果你還想了解更多這方面的信息，記得收藏關注本站。 流式數據分析軟件的介紹就聊到這里吧，感謝你花時間閱讀本站內容，更多關于流式細胞數據分析軟件、流式數據分析軟件的信息別忘了在本站進行查找喔。
本文目錄一覽：
- 1、流式分析軟件flowjovx怎么安裝
- 2、如何用FlowJo分析Accuri C6數據
- 3、怎么用modifit分析流式數據
- 4、如何分析流式細胞儀檢測t淋巴細胞亞群結果
- 5、bd流式細胞儀c6 fitc/pe/apc哪個通道
流式分析軟件flowjovx怎么安裝
打開軟件flowjo 7.6.1，鼠標直接拖動數據所在文件夾到軟件中，則數據導入。對數據進行處理：雙擊fcs格式數據出現流式散點圖（建議首先對空白組細胞先處理），圈門（根據實驗目的選擇合適的圈門工具）并點擊ok確定。
雙擊圈門部位，根據實驗目的以及染料的熒光激發/發射波長，選擇流式圖合適的橫坐標和縱坐標。完成后，關閉處理界面，回到軟件主界面。
對其他數據進行批處理，鼠標拖動已處理文件到All samples。
點擊布局管理器。并拖動已處理文件到布局管理器內。
輸出圖片，可以點擊保存按鈕（命名時需要輸入后綴.png），或者在圖片右擊復制然后黏貼到PPT/Word中。
如何用FlowJo分析Accuri C6數據
目前市場有很多流式儀器，包括幾家大的公司如BD,貝克曼等。FlowJo做為一款優秀的流式數據分析軟件，可以兼容幾乎所有流式儀器采集的數據，可以彌補其它機器自帶軟件的分析功能不足的缺憾，這也是FlowJo備受歡迎及推崇的原因。今天將詳細介紹如何用FlowJo來分析BD公司的機器Accuri C6采集的數據。Accuri C6是一款全功能、雙激光的小型桌面流式細胞儀，有其獨特的優勢。但是Accuri C6自帶的CFlow軟件在分析流式數據方面還存在一些進步的空間，比如：缺乏完善的圖片疊加功能，尤其是其直方圖疊加的效果有待加強；缺乏細胞周期分析工具、增殖分析工具以及動力學分析工具。FlowJo是目前直接可以和它兼容的流式數據分析專業軟件，滿足用戶的數據分析要求。
實際上，用FlowJo分析Accuri C6的流式數據與用FlowJo分析其他流式細胞儀采集的流式數據是一樣的。只不過由于Accuri C6在采集數據的時候不需要設置電壓等特點，在分析Accuri C6數據的時候要做一些簡單的處理。這篇博文將對這些處理步驟做詳細的介紹。
一、在Accuri C6將數據導出為FCS格式
ISAC制定的流式數據的標準格式為FCS格式，Accuri C6的CFlow軟件默認的數據保存格式為其特有的C6格式。因此，在用FlowJo分析Accuri C6數據之前，需要將數據轉換為FCS格式。可參考下面的操作步驟：
1. 打開CFlow軟件，點擊File菜單，在下拉菜單中選擇Open CFlow File or Template，導入采集到的C6格式的數據
2. 點擊File菜單，在下拉菜單中選擇Export FCS File或者Export ALL Sample as FCS
二者的區別是：
Export FCS File：將選定的某個 data well (sample) 輸出為FCS格式的數據，并保存到用戶自建的文件夾里
Export ALL Sample as FCS：將所有的data well (sample) 輸出為FCS格式的數據，并保存到“CFlow-FCS Exports”文件夾里，這個文件夾一般在桌面上
圖1
二、調節坐標軸的范圍
由于Accuri C6在采集數據的時候不需要設置電壓，而且C6能夠采集到的信號范圍位于1-16777216（100-107.22），流式圖中的細胞群可能會由于坐標軸的范圍過大而被壓縮在左下角的位置，如圖2所示：
圖2
這時我們需要合理調節坐標軸的范圍，使細胞群顯示于流式圖的中間位置，從而能明顯地看到細胞分群，便于我們設門。
按照以下步驟操作：
1. 點擊坐標軸右邊的T按鈕（圖3），在下拉菜單中選擇Change displayed parameter range
圖3
2. 打開調節坐標軸范圍的對話框（圖4），在其中輸入合適的范圍，Min為坐標軸的最小值，Max為最大值
圖4
3. 在修改坐標軸范圍的時候，輸入數值后，點擊Apply按鈕查看調整后的效果，如果效果不好，再重新輸入數值，直到達到理想效果后（如圖5）再點擊OK按鈕
圖5
三、對于已經在Accuri C6上進行過熒光補償的數據
對于在Accuri C6上進行過熒光補償的數據，FlowJo會默認對其進行雙指數轉換，并且雙指數轉換中Positive decades的默認值為4.5，而Accuri C6的Positive decades值為7.22，因此會導致在流式圖上會顯示出細胞群的壓縮（如圖6），這種情況下不便于設門而且流式圖的效果也不好。
圖6
此時我們可以將雙指數轉換中Positive decades值調為7.22。具體方法是：點擊T按鈕，在下拉菜單中選擇Change transform values，打開Set Transform Values for對話框，將Positive decades值調為7.22（圖7）
圖7
調整之后，流式圖中的細胞群顯示正常，位于流式圖的中央，便于設門，如圖8所示
怎么用modifit分析流式數據
Modfit分析細胞凋亡操作指南： 1、雙擊Modfit圖標，打開Modfit軟件（無需安裝），打開界面如下： 、 2、 不用理會彈出的信息，點擊OK繼續，會出現下述界面，每個均點擊OK即可：如何分析流式細胞儀檢測t淋巴細胞亞群結果
最常見的是分析CD4， CD8亞群。先在FSC， SSC散點圖上劃出淋巴細胞gate。然后在此gate基礎上選取T細胞標志染色陽性的細胞群（一般是CD3）。在把CD34陽性的細胞根據CD4 和CD8染色情況形式為散點圖，得到CD4+/CD8-, CD4-/CD8+, 以及雙陽性的比率。如果還有其他細胞標志的染色，再進一步分析。
bd流式細胞儀c6 fitc/pe/apc哪個通道
很簡單的啊。流式細胞儀數據分析
5.1 數據采集及顯示
光信號轉換成電壓脈沖后，再通過模數轉換器轉換成為計算機能夠儲存處理的數字信號。 流式細胞儀的數據以FSC標準格式存儲，該標準由“分析細胞學協會”制定。
根據FSC標準，數據存儲格式應包括三個文件：樣本獲取文件，數據設置文件和數據分析結果。 4參數（FSC,SSC,FITC和PE）的單細胞分析會生成8位數據。當單個樣品累計收集到10000個細胞時，FCS數據文件為80kB.
數據采集存儲完畢后，細胞亞群可以幾種不同格式顯示。單參數如FSC或FITC（FL1）可使用直方圖，橫軸表示熒光通道。縱軸表示在該通道內收集到的細胞數量（如圖5-1）。處在同一通道的每一細胞均符合該通道的信號值，而且具有相同的信號密度。通道右側信號的熒光強度明顯高于左側，越靠右側熒光亮度越強。 圖5-1 流式數據分析圖
雙參數可在二維散點圖中同時顯示，X軸顯示通道1（FL1），Y軸顯示通道2（FL2）。3維圖通過X,Y,Z三個軸分別顯示每個通道的細胞量（如圖5-1）。
習題：數據采集及顯示
1 在直方圖中橫軸和縱軸分別表示 .
2 二維點圖用于顯示 參數。
3 在CellQuest軟件中3維圖中Z軸代表 .
5.2 設門
通過設門的方法可以定義細胞亞群的區域。如：血樣本是混合細胞群，如果想單獨分析淋巴球細胞，可根據FSC或細胞大小，在FSC,SSC的散點圖中設門，其數據結果只反映淋巴細胞亞群的熒光特性。 圖5-2 全血樣本中淋巴細胞亞群的數據分析圖
習題：設門
1 設門的方法通常用于分析樣本內的指定細胞。（對 錯）
5.3 細胞亞群的數據分析
數據分析包括從點圖中的list-mode文件中顯示數據，然后統計點圖中的細胞分布情況。如前所述，分別有幾種形式的點圖用于顯示數據，而且可通過設門的方法區分指定的細胞亞群。 如圖5-3所示，在淋巴細胞亞群周圍設門，以單獨分析或分選該亞群細胞。
圖5-3 選定淋巴細胞亞群設門
門內細胞的數據結果可在隨后的圖中顯示。在下面的實例中，我們將詳盡闡述細胞亞群百分含量的不同分析方法。 我們可以通過單參數直方圖，二維點圖和三維圖來分析結果。單參數直方圖可定位邊界，二維點圖可設置象限標志。如果需要，還可以建立數據統計表以輸出結果。 直方圖可直觀單個參數的細胞數量。陰性對照用于決定直方圖中單參數的左右邊界（見圖5-4）。左圖中M1為陰性對照峰。右圖中M2為CD3 FITC陽性峰。
圖5-4 陰性對照峰M1（NORM001）和CD3 FITC陽性峰M2（NORM002） 圖5-5的統計結果表明，整個事件共記錄了6000個細胞，門內淋巴細胞2891個。其中M1（陰性）細胞619個，M2（CD3陽性）細胞2272個細胞。淋巴細胞亞群CD3陽性百分含量的統計結果為：M2：2272/2891=78.59%.
圖5-5 直方圖統計結果
二維點圖以雙參數顯示結果，每個點表示一個或多個細胞。圖5-6為陰性對照圖，用于設定陰性對照邊界，全圖劃分為四個象限，以區分陰性細胞、單陽性細胞以及雙陽性細胞。左下象限（LL）為雙陰性細胞，左上象限（UL）為Y軸陽性細胞（CD19 PE），左下象限（LR）為X軸陽性細胞（CD3 FITC），右上象限（UR）為雙陽性細胞（CD19+/CD3+）。
圖5-6 陰性對照組（NORM001）和CD3 FITC/CD19 PE雙染樣本（NORM002） 如圖5-7所示，淋巴細胞亞群雙陽性細胞（CD19+/CD3+）的百分含量為：296/2839=10.43%.
圖5-7 散點圖統計結果 另一個分析方法是劃定區域，也就是設門。我們可以用不同形狀的繪圖工具定義所選區域（如圖5-8所示）；然后統計該區域內指定細胞亞群的百分含量。在圖5-9中，R4門內為CD4陽性，CD3陰性的淋巴細胞亞群，其結果為：40/2866=1.40%.
圖5-8 CD3 FITC/CD4 PE 雙染樣本分析圖 圖5-9 CD3 FITC/CD4 PE 雙染樣本數據統計結果
這種方法在分析不同的供體細胞時存在一個缺陷，因為如果事先定義好細胞亞群的區域或邊界，在隨后的文件中，下一個樣本的細胞亞群位置會發生變化，這就需要操作者重新調整區域或邊界位置。 為避免這種情況的發生，我們采用一種稱為集群分析（cluster analysis）的新方法。BD公司的MultiSETTM 和AttractorsTM軟件就屬于集群分析軟件。該軟件的特點是會隨著整個細胞亞群的移動而移動，自動變換區域或邊界到相應的細胞亞群位置（見圖5-10）。
圖5-10 使用Attractors分析軟件時二維點圖的前后變化對比
5.4 流式細胞儀的其它應用以及數據分析
這些分析方法通常適用于計算離散細胞群的百分含量，對于分析單克隆細胞株分子是否呈陽性并不適用。因為單克隆細胞株是單個細胞群，在大多數情況下，既不是100%陰性，也不是100%陽性，所以我們通過幾何均值法和中位法統計細胞熒光密度和陽性率。如果樣本的統計結果遠遠大于陰性對照組，那么我們認為其結果是陽性的，兩者間的差異越大，說明細胞的表達越高，陽性率越高。 如圖5-11所示，左圖為單細胞群的散射光信號，右圖為陰性對照組和兩種不同抗體染色樣本的峰疊加圖。每個峰的幾何均值分別為2,5和20（從左至右）。
圖5-11 單細胞株分析圖 除檢測陽性率，幾何均值法和中位法還用于分子（接合子）定量分析。
QuantiCALCTM軟件就是使用中值法計算每個細胞的抗體結合位點數。如圖5-12所示，Y軸上的圓圈代表從標準曲線獲取的信息，用于計算每個細胞的接合點位數。 圖5-12 使用QuantiCALC軟件計算每個細胞的抗體結合位點數 我們使用ModFit LTTM軟件進行DNA定量分析。因為DNA峰（G0/G1期，S期和G2M期）不是離散的，所以我們對曲線以下的面積進行積分，以得到每個細胞亞群的百分含量結果。
圖5-13 細胞周期的DNA直方圖
習題：數據分析
1二維點圖和一維直方圖的作用分別是什么？
2 見圖5-4和圖5-5,CD3陰性和陽性的百分含量分別是多少。
3 LL象限代表雙陽性細胞亞群。（對 錯）
4 見圖5-6和圖5-7,淋巴細胞（CD3+/CD19-）的百分含量是多少。
5 只能使用矩形設定細胞區域范圍。（對 錯）
6 使用區域設定法分析樣本有哪些不足。
7 避免細胞亞群移動的分析方法是什么。
8 在定量分析中我們使用哪些分析方法檢測陽性率。
5.5 CellQuest和CellQuest Pro軟件使用
CellQuest和CellQuest Pro軟件是目前運用最為廣泛的流式細胞儀采集及分析軟件。它運行于蘋果電腦上，優質的矢量圖顯示使得操作界面特別優美。現最新的微軟公司的Vista軟件也是仿蘋果操作系統界面的，可想而知在使用CellQuest和CellQuest Pro時的強大功能及視覺質感。CellQuest和CellQuest Pro軟件主安裝在BD FACSCalibur型流式細胞儀上。
1.軟件數據流程
在CellQuest和CellQuest Pro軟件的數據流分為二個部分：方案和數據包。方案是指用戶可以建立采集或分析所需的直方圖或散點圖、設門并定義門與門、門與圖之間的邏輯關系。可以使用方案進行數據采集或分析以往已有的數據。每個采集方案分析樣本后會生成數據包，該數據包中包括了樣本中每個顆粒在各個檢測參數上的數值，格式為FCS2.0或FCS3.0.
數據包必須由方案文件打開，無法單獨顯示，或者可由第三方軟件進行分析，如WinMDI.
2.軟件與儀器的連接
流式細胞儀需要加電開啟后會向計算機發出信息，所以如要進行實驗需要先開啟流式細胞儀，然后再開啟計算機。
1、\x09先開儀器后開計算機，以確保儀器和計算機之間的正常通訊。
2、\x09在蘋果菜單下點擊CellQuest和CellQuest Pro軟件。
3、\x09從Aquire菜單下選擇connet to cytometer.
3.方案與數據之間的關系
CellQuest和CellQuest Pro軟件的方案與數據相互獨立保存，數據包可以由任一方案文件進行分析，分析后不改變數據包中的任何數據。CellQuest和CellQuest Pro軟件中方案內的直方圖或散點圖有三種狀態：Acquire,Analysis和Acquire-Analysis.
當圖的屬性為Acquire時，此圖只限于采集下用，即只當進行檢測時它才能顯示顆粒；
當圖的屬性為Analysis時，此圖只限于分析已保存的數據包，它不能用于采集數據。
當圖的屬性為Acquire-Analysis時，此圖即可用于采集數據也可用于分析已有數據。
所以方便起見，我們一般將方案中的直方圖或散點圖全部設為Acquire-Analysis屬性。
CellQuest Pro CellQuest
4.方案的建立
A選擇實驗參數
默認情況下，FACSCalibur流式細胞儀開機后只打開一根激光器，及五個參數供選擇使用：FS、SS、FL1、FL2、FL3.當我們要使用第二根激光器及FL4通道時需要勾選FL4的選項，儀器自動打開633nm激光器。
B,建立散點圖或直方圖，命名坐標
CellQuest Pro軟件主要工作界面，軟件類似于Office word的工作面，可在A4大小的頁面上進行編輯建立各種直方圖或散點圖。
在CellQuest軟件下，需在選擇Plot菜單，選擇Format來打開圖的屬性對話框，其中包括了關于該圖所有選項。
建立好直方圖或散點圖后，我們需要對所選的參數進行命名，如不修改軟件自動命名為FS、SS、FL1、FL2、FL3和FL4.
在菜單上選擇Acquire欄目，選擇Parameter Description,可出現關于文件存儲和參數命名的對話框。在這個對話框中用P字母來代表每個參數，并在此對每個采集參數進行命名，FL1為CD3FITC,FL2為CD4PE……
C,設門并建立門與圖之間的關系
R與G的關系
R是Region的首個字母，Region一般是指一個閉合形的區域，如矩形區、自由區和圓形區。區域與區域之間可以進行邏輯運算，如AND、OR、NOT等關系。當區域進行運算時軟件引進了算術公式的管理概念：
Gate實際了個代數式，簡稱G,其運算式默認如下：
G1 = R1,或G2=R2
當我們要進行邏輯運算時，可變更為G1=R1 AND R2.此時G1就成了一個算術結果了。
G1=R1 AND R2
G2=R1 NOT R2
G3=R1 OR R2
Region List管理門，可以重命名或刪除門。Gate List是對門進行邏輯運算和標識顏色的工具。
建立門與圖之間的關系
打開要編輯的直方圖或散點圖的屬性對話框，選擇Gate選項，選擇門即可。
D,顯示統計參數
5.儀器的操作
當計算機與流式細胞儀聯機后便會出現以下采集控制框：
在有關儀器操作所有控制選項框都在Cytometer下拉菜單下，同時按住“蘋果”鍵及1、2、3、4便可調取所有控制框：
6.文件的保存及調用
實驗或分析過程中所建的方案可以保存下來，通File下拉菜單可以保存這些方案文件：
如要打開這些分析方案只需雙建方案圖標即可；方案可以分析以往的數據包（前提是方案中的直方圖或散點圖都已定義成Acquire-Analysis屬性），有兩種方案打開以往的數據：
方法一：選擇直方圖或散點圖，打開該圖的屬性框（Plot-》Format），見下圖：
在以上紅色框標注的地方選擇要分析的數據包。
方法二：選中方案中所有的直方圖或散點圖，打開Plots菜單，選擇Chang Data File,打開要分析的數據包。 關于流式數據分析軟件和流式細胞數據分析軟件的介紹到此就結束了，不知道你從中找到你需要的信息了嗎 ？如果你還想了解更多這方面的信息，記得收藏關注本站。 流式數據分析軟件的介紹就聊到這里吧，感謝你花時間閱讀本站內容，更多關于流式細胞數據分析軟件、流式數據分析軟件的信息別忘了在本站進行查找喔。
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