RDKit | 從ChEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)提取大分子HELM單體（XML轉(zhuǎn)換為DataFrame并搜索部分結(jié)構(gòu))

研究大分子的HELM表示。HELM具有分層結(jié)構(gòu)，并結(jié)合了單體來(lái)代表聚合物（例如肽）。

HELM的特征是其表達(dá)的可擴(kuò)展性，還可以通過(guò)將原始單體添加到單體庫(kù)中來(lái)表達(dá)不自然的結(jié)構(gòu)。

另一方面，由于HELM表達(dá)式使用縮寫（ID），所以如果不共享單體庫(kù)，則存在指定具有相同ID的不同單體的風(fēng)險(xiǎn)，因此了解單體庫(kù)很重要。

找出什么樣的單體信息存儲(chǔ)在ChEMBL中，這是HELM也處理的熟悉的數(shù)據(jù)庫(kù)。

具體旨在讀取XML文件中提供的單體庫(kù)，并將其轉(zhuǎn)換為Pandas DataFrame。

導(dǎo)入庫(kù)

import xml.etree.ElementTree as ET

tree = ET.parse('chembl_27_monomer_library.xml')

root = tree.getroo

XML 數(shù)據(jù)庫(kù)

版權(quán)聲明：本文內(nèi)容由網(wǎng)絡(luò)用戶投稿，版權(quán)歸原作者所有，本站不擁有其著作權(quán)，亦不承擔(dān)相應(yīng)法律責(zé)任。如果您發(fā)現(xiàn)本站中有涉嫌抄襲或描述失實(shí)的內(nèi)容，請(qǐng)聯(lián)系我們jiasou666@gmail.com 處理，核實(shí)后本網(wǎng)站將在24小時(shí)內(nèi)刪除侵權(quán)內(nèi)容。

版權(quán)聲明：本文內(nèi)容由網(wǎng)絡(luò)用戶投稿，版權(quán)歸原作者所有，本站不擁有其著作權(quán)，亦不承擔(dān)相應(yīng)法律責(zé)任。如果您發(fā)現(xiàn)本站中有涉嫌抄襲或描述失實(shí)的內(nèi)容，請(qǐng)聯(lián)系我們jiasou666@gmail.com 處理，核實(shí)后本網(wǎng)站將在24小時(shí)內(nèi)刪除侵權(quán)內(nèi)容。